El culto a Nuestra Señora continuó creciendo, justificando obras en la capilla original hacia 1431, curiosamente el año en el que Juana de Arco fue quemada en la hoguera en Francia y, en Portugal, murió D. Nuno Álvares Pereira con fama de santo, el Santo Condestable. En aquella época, el obispo de Évora, D. Pedro de Noronha, ya había obtenido permiso del Papa (en 1422) para fundar allí un monasterio. Sin embargo, el monasterio no fue fundado hasta 1457 con autorización papal, y su observancia fue confiada a la Orden de San Jerónimo. El convento, es decir, la comunidad religiosa, se fundó el 2 de septiembre de 1458, con doce frailes, momento en el que ya estaban terminadas las obras del monasterio, es decir, la estructura física. Semanas antes había muerto el Papa Calixto III, a quien debemos la bula Pia Deo de fundación de Espinheiro y que fue el papa que reconoció la inocencia de Juana de Arco (que había sido quemada por bruja en 1431).

La última campaña de obras fue en 1801, como lo demuestra la placa debajo del coro. En 1808 llegaron los franceses y en 1834 se extinguieron las Órdenes Religiosas en Portugal. Posteriormente el monasterio fue vendido a particulares y transformado en casa rural. Sin embargo, la iglesia, clasificada como monumento nacional desde 1910, mantuvo su vocación cultural pública, a la que siguieron acudiendo numerosos fieles y peregrinos a lo largo del siglo XX, especialmente en la fiesta anual que se celebraba el Jueves de la Ascensión.